Die komplex zusammengesetzte Mikroflora des menschlichen Darms besteht überwiegend aus Bakterien. Sie besiedeln den Darm in einer Gesamtzahl von rund 100 Billionen (!). Die 400 bis 500 unterschiedlichen Spezies dieser Mikroflora bilden unter normalen Bedingungen ein stabiles Ökosystem.
In den einzelnen Darmabschnitten ist die Flora spezifisch und an das lokale Mikromilieu angepasst.
Keimdichte und Keimspektrum nehmen von proximal nach distal zu. Der Dünndarm enthält 104 – 108 Bakterien/ml Inhalt, der Dickdarm hat mit 1010 – 1012 Bakterien/g Inhalt die bei weitem höchste Besiedlungsdichte.
Auch das Keimspektrum unterscheidet sich: Erst im Dickdarm ist es in einer enormen Vielfalt vertreten.
Das Ökosystem des Intestinaltrakts umfasst u.a. aerobe und anaerobe Bakterien. Die Keime haben teils sowohl pathogene als auch nützliche Effekte, teils sind sie ausschließlich gesundheitsfördernd. Im Dickdarm mit der höchsten Keimbesiedlung laufen viele Gärungsprozesse ab.
Der Mensch lebt mit der Mikroflora seines Darms in Symbiose. Er stellt den Speisebrei zur Verfügung und profitiert seinerseits von bakteriellen Stoffwechselprodukten wie z.B. Buttersäure. Diese kurzkettigen Karbonsäuren sind für die Steigerung der Darmmotilität und die Ernährung der Darmepithelzellen notwendig. Über zahlreiche Mechanismen der Immunabwehr schützt die Darmflora den Körper vor artfremden Krankheitserregern, z.B. Salmonellen, Clostridien, Shigellen und pathogenen E.-coli-Keimen. Eine intakte Darmflora mit hauptsächlich neutralen und gesundheitsfördernden Organismen stellt für pathogene Fremdorganismen eine Barriere dar.